Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang sebagai salah satu Perguruan Tinggi Agama Islam di Kupang yang didirikan dengan mengemban misi: menyelenggarakan Tridarma Perguruan Tinggi yang terintegratif. Menyiapkan lulusan berakhlak mulia, profesionalitas di bidangnya, mampu menguasai dan mengembangkan IPTEK serta mengamalkannya berdasarkan nilai-nilai Islam. Memelihara budaya bangsa melalui ilmu, iman dan amal. Menyelenggarakan manajemen modern dan mengadakan kerja sama dengan berbagai pihak sehingga menjadikan Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang sebagai pusat pendidikan unggul demi terselenggaranya pendidikan yang berkualitas, transparansi, akuntabilitas, berkesinambungan, dan profesionalitas demi kesejahteraan umat manusia. Oleh karena itu Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang diselenggarakan tidak hanya melahirkan sumber daya masyarakat yang memiliki kemampuan penalaran keilmuan belaka, tetapi sekaligus menjadi intelektual muslim yang memilki kekokohan akidah, kedalaman iman, spiritual, keagungan akhlak dengan prinsip berilmu amaliah dan beramal ilmiah.
Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang hadir dengan misi-misi khusus guna menjadikan lulusan STAI Kupang yang dapat bersaing di dunia kerja, serta mampu memberikan ketauladanan dalam kehidupan atas dasar nilai-nilai Islami dan Budaya bangsa melalui ilmu, iman dan amal. Selain itu, STAI Kupang turut menyelenggarakan manajemen modern Perguruan Tinggi yang berorientasi pada efektivitas, kualitas, transparansi, akuntabilitas, berkesinambungan, dan profesionalitas.