Gagasan dan upaya pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam di Kupang Nusa Tenggara Timur sesungguhnya telah dimulai sejak tahun 2008. Namun dikarenakan satu dan lain hal gagasan tersebut baru terwujud pada tahun 2012, ketika beberapa tokoh masyarakat muslim NTT yang terdiri dari para ulama, zuama, praktisi dan pemerhati pendidikan kembali berkumpul untuk menyelenggarakan pertemuan pada tanggal 26 Januari 2012 di Aula Kanwil Kementerian Agama Provinsi NTT. Hadir dalam pertemuan bersejarah tersebut, Kepala Bidang Pendidikan Islam Kanwil Kementerian Agama Provinsi NTT, Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI) Provinsi NTT, dan para tokoh senior di bidang pendidikan guna merumuskan pokok – pokok pikiran yang diperlukan sebagai landasan berdirinya Perguruan Tinggi Agama Islam dimaksud. Pada sesi akhir pertemuan bersejarah tersebut, forum bersepakat membentuk Badan Pendiri STAI Kupang yang bertugas menyusun dan mengajukan Proposal Pendirian STAI Kupang dengan tiga program studi yaitu PAI, PGMI dan Ekonomi Syariah.
Hasilnya pada tanggal 28 September 2012, KOPERTAIS Wilayah IV Surabaya mengeluarkan Rekomendasi Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang Nomor: In.02/1/PP.00.9/1695/KOP.IV/2012, dan tanggal 19 Oktober 2012 Yayasan Al-Hikmah yang dipercaya sebagai Badan Penyelenggara STAI Kupang menerbitkan SK. Nomor : 102/YSPD/Al-Hikmah NTT/X/2012 tentang Pengangkatan Dewan Penyantun dan Badan Pengelola STAI Kupang. Namun dikarenakan satu dan lain hal, pada tanggal 09 November 2012 Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI hanya menyetujui pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Kupang dengan dua program studi yaitu PAI dan PGMI dengan menerbitkan Surat Keputusan No: 2345 tahun 2012, hingga berdampak pada perubahan nama lembaga yaitu dari STAI menjadi STIT Kupang.
Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Kupang yang awalnya bernama Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Kupang memulai perkuliahan perdana pada tanggal 10 September 2012 dengan jumlah mahasiswa saat itu sebanyak 200 orang dan memiliki dua program studi pilihan yaitu PAI dan PGMI serta didukung oleh para tenaga pengajar yang berpengalaman.
Pada tahun 2017 dilakukan upaya penambahan program studi baru, yaitu Manajemen pendidikan Islam dan Ekonomi Syariah. Dan mendapatkan persetujuan dengan dikeluarkan SK No. 2604 tahun 2017 oleh Dirjen kementerian agama tanggal 8 Mei 2017. Sehingga sekarang STAI Kupang menjadi empat program studi, yaitu PAI, PGMI, MPI dan Ekonomi Syariah
